海合会的组织机构由最高理事会、部长理事会和秘书处构成。最高理事会由成员国元首组成,是海合会最高权力机构,其主席由各国元首按国名字母顺序轮流担任,任期一年。部长理事会由成员国外交大臣(部长)组成,主要负责为最高理事会审议其他大臣(部长)会议和机构商定的政策、决定、建议、法案、法律报告,以及准备首脑会议议程等项工作。秘书处由秘书长和负责政治、财经、军事事务的3名助理秘书长主持工作。秘书长一职按国家名称(阿文)字母顺序轮流担任并由最高理事会在首脑会议期间任命,任期3年。
海合会每年11月或12月轮流在6国首都召开首脑会议。截止到2010年5月已举行过31届。海合会首脑会议已先后发表了《科威特宣言》、《阿布扎比宣言》、《麦纳麦宣言》、《多哈宣言》,并通过了《海合会与其他国家、地区集团和国际组织发展关系和进行谈判的长期战略》等一系列文件。此外,6国的外交、国防、内政、石油和财经等大臣(部长)还定期或根据需要召开会议,对政治、经济、军事、外交等方面的重大问题进行商讨,以协调立场,采取联合行动。